Όταν ο Βασιλιάς Όθωνας έκανε πρωτεύουσα του νεοσύστατου Ελληνικού κράτους την Αθήνα (10 Δεκεμβρίου 1834), τον ακολούθησαν οι στρατιωτικοί και τεχνικοί που είχαν έλθει μαζί του από τη Βαυαρία στην Ελλάδα (1833). Το 1837 οργανώνεται ελληνικός στρατός και ο βαυαρικός διαλύεται. Πολλοί από τους πρώην στρατιώτες επέστρεψαν στην πατρίδα τους, άλλοι όμως προτίμησαν να μείνουν στην Ελλάδα και μαζί με τους τεχνικούς εγκαταστάθηκαν στο Ηράκλειο Αττικής.

Οι νέοι κάτοικοι του Ηρακλείου ήσαν κατά 90% χριστιανοί καθολικοί. Άρχισε να καλλιεργείται η σκέψη ότι ήταν απαραίτητη η ανέγερση ναού για την εξυπηρέτηση των πνευματικών τους αναγκών. Για το σκοπό αυτό, με βασιλικό διάταγμα, χορηγείται οικόπεδο ικανό για το ναό και τον ιερέα.

Ο υπεύθυνος επίσκοπος τότε και της Αθήνας, που είχε έδρα τη νήσο Σύρο, σε συνεννόηση με το Βασιλιά και τον εκκλησιαστικό ιερέα του βασιλικού οίκου, π.Arneth, ιδρύει Ενορία και εγκρίνει την ανέγερση Ιερού ναού με προστάτη τον Ευαγγελιστή Λουκά, που υπήρξε συνοδός του Αποστόλου Παύλου στο ταξίδι του στην Αθήνα.

Αυτά συμβαίνουν το έτος 1842, οπότε και ευλογείται ο θεμέλιος λίθος από τον υπεύθυνο ιερέα της περιοχής, π. Σαργολόγο, εξουσιοδοτημένο προς τούτο από τον επίσκοπο Σύρου Blancis.

Τα πρώτα έξοδα αντιμετωπίστηκαν από έρανο που διενεργήθηκε στη Lyon της Γαλλίας και μεταξύ των καθολικών της Ελλάδας, από σεβαστό ποσό, προσφορά του Βασιλιά Όθωνα και του πατέρα του, φιλέλληνα Λουδοβίκου Βασιλιά της Βαυαρίας. Το σχέδιο γοτθικού ρυθμού, που βλέπουμε και σήμερα, ήταν επιθυμία του Βασιλιά Όθωνα (ο ίδιος έφτιαξε το σκίτσο) και το υλοποίησε ο αρχιτέκτονας Χάνσεν. Θυμίζει τους ναούς της Βαυαρίας.

Μετά από διάφορα στάδια η οικοδομή τελείωσε το έτος 1845 και κατά την εορτή του Αγίου Προστάτη Ευαγγελιστή Λουκά, έγιναν τα επίσημα εγκαίνια στις 18 Οκτωβρίου.

Σήμερα ο ναός του Αγίου Λουκά λειτουργεί κανονικά και αποτελεί μαζί με τους πιστούς, μια ενορία που σφύζει από ζωή. Μαζί με την πλατεία του Αγίου Λουκά όλοι αναγνωρίζουν ότι αποτελεί κόσμημα για την πόλη μας.